Název Opatovická ulice nedaleko Národní třídy v Praze je upomínkou na středověkou obec Opatovice, založenou v roce 1115. Z té doby pochází románský farní kostelík sv. Michala, který byl v roce 1348 přestavěn v raně gotickém slohu.
Pozdější úpravy obohatily stavbu o presbytář se vzácnou klenbou. Kostel byl dále rozšířen z původního jednolodního na trojlodní. V barokním období, v roce 1717, získal kostel věž a rovněž byla ještě přistavěna barokní kaple.
Za Josefa II., v roce 1787, byl kostel odsvěcen a sloužil jako skladiště. Avšak již v roce 1791 jej zakoupili němečtí evangelíci augsburského vyznání. Zvláštním dekretem jim bylo prominuto zbourat věž (tu toleranční kostely nesměly mít).
Po různých úpravách, například v roce 1912 byly pořízeny nové varhany, sloužil kostel
sv. Michala německým luteránům až do roku 1945.
Tehdy kostel i s protější církevní školou získala Českobratrská církev evangelická (ČCE) pod podmínkou, že kostel bude sloužit Slovenskému evangelickému sboru augsburského vyznání v Praze. Tak je tomu do dnešní doby a kostel sv. Michala je jediným luterským kostelem na území Prahy a slouží kromě slovenského i českému a anglickému sboru Evangelické církve augsburského vyznání v České republice. V interiéru kostela je instalována stálá výstava o Bibli.