Die Kirchengemeinde Prag-Kobylisy wurde 1951 gegründet. Durch den Bau neuer Plattenbausiedlungen in der Umgebung weitete sich die Gemeindearbeit aus und so musste eine Lösung für einen Gottesdienstraum gefunden werden. Es grenzte an ein Wunder, dass es in der Zeit des harten politischen Kurses nach der Niederschlagung des Prager Frühlings (1969–1971) möglich war, eine moderne Kirche zu bauen. Das Gebäude wurde nach einem Entwurf des Schweizer Architekten Ernst Gisel errichtet. Zur Kirche gehörten neben einem modern gestalteten, eindrucksvollen Gottesdienstraum auch andere Gemeinde- und Wohnräume, die damals nicht nur der Jugendarbeit dienten, sondern auch der Begegnung von Gläubigen aus verschiedenen Ländern des geteilten Europas.
Die Kirche wurde am 6. Juni 1971 geweiht. In den Jahren 1995–2001 gab es verschiedene bauliche Veränderungen. Es wurde auch ein 26 Meter hoher Turm errichtet, in dem sich zwei Glocken aus der Werkstatt Rudolf Manoušeks befinden. Aus dieser Zeit stammt auch die Bezeichnung der Kirche „Zur Jakobsleiter“.
Neben der Gemeinde der Evangelischen Kirche der Böhmischen Brüder (EKBB) ist in Kobylisy auch eine Gemeinde der Südkoreanischen Presbyterianischen Kirche aktiv.