Die Anfänge der Gemeinde in Smíchov liegen am Beginn des 20. Jahrhunderts. In den ersten Jahren versammelten sich die evangelischen Christen aus Smíchov in der Schule „Na Zatlance“, wo die Kinder Religionsunterricht hatten, oft auch im Beisein der Eltern. In dieser neuen Schule wurde neben der römisch-katholischen Kapelle 1916 auch eine evangelische Kapelle gebaut, die zunächst Sitz einer Filiale der Clemensgemeinde und später der 1924 gegründeten Smíchover Gemeinde der Evangelischen Kirche der Böhmischen Brüder (EKBB) war.
Die Mitgliederzahl der Gemeinde nahm zu und schon bald fasste man den Plan, eine Kirche zu bauen. Die Gemeinde erwarb von der Stadt ein Grundstück unterhalb des Parks „Santoška“ und am 5. Oktober 1930 wurde der Grundstein für das Comenius-Gemeindehaus gelegt. Der architektonische Entwurf stammte von Filip Křížek und dessen Sohn, die Bauarbeiten leitete Josef Svaták. Das große Gebäude mit einem geräumigen Betsaal und einer breiten Empore, das sich bewusst an den Stil der Toleranzbethäuser anlehnte, wurde am 28. Sep-tember 1931 mit einem Festgottesdienst eröffnet. Mit dem Hauptgebäude sind die Räume des Pfarrhauses verbunden und es gibt auch einen Turm.
Die Chronik der Gemeinde erinnert nicht nur an die freudigen Ereignisse, sondern auch an die schwere Zeit des Zweiten Weltkriegs, in der viele Gemeindeglieder in Konzentrationslagern inhaftiert waren – 37 von ihnen kehrten nicht zurück. Zur Gemeinde Smíchov gehörte auch das Ehepaar Horák. Frau Dr. Milada Horáková hatte die Qualen des Konzentrationslagers überlebt, dem tragischen Schicksal, das sie unter dem kommunistischen Regime erwartete, entging sie dagegen nicht. Sie wurde verhaftet und aufgrund eines manipulierten Prozesses zum Tode verurteilt. Trotz der Proteste der zivilisierten Welt wurde sie am 27. Juni 1950 hingerichtet.
Im Oktober 2010 wurde vor der Kirche der EKBB für Milada Horáková eine Skulptur des Künstlers Olbram Zoubek enthüllt, der auf das Honorar für dieses Werk verzichtete.