Ende des 19. und Anfang des 20. Jahr-hunderts gab es in Žižkov, einem Prager Stadtviertel, das sich damals gerade erst zu entwickeln begann, nicht sehr viele evangelische Christen. Zunächst gedieh dort die Arbeit mit Kindern und es wurde eine Sonntagsschule gegründet. Mit Unterstützung der Clemensgemeinde und des später gegründeten Hus-Haus-Vereins für die Stadtteile Žižkov, Karlín und Libeň konnten nach und nach auch Erwachsene gewonnen werden. Die ersten Treffen, Andachten und Vorträge fanden in Privatwohnungen statt. Einen großen Anteil an dieser Arbeit hatten Laien. 1904 wurde eine Predigtstation gegründet und ihre Mitglieder machten sich auf die Suche nach einem geeigneten Ort für ein Bethaus.
Der Stadtteil wuchs und so nahm auch die Zahl der Gläubigen zu. 1911 wurde die Predigtstation in eine Filialgemeinde umgewandelt und man konnte an ein eigenes Bethaus denken. Die Gemeinde erwarb ein Mietshaus mit Garten in der Prokopova-Straße. Dort wurde 1913–1914 die Bethlehemskapelle gebaut. Der Entwurf des Gebäudes im Spätjugendstil mit kubistischen Elementen stammte vom Architekten Emil Králíček. Das Bethaus wurde von der Firma Matěj Blecha erbaut. Am 28. Juni 1914 wurde es feierlich geweiht. Später kamen noch ein Glockenturm und ein Gemeindesaal hinzu, der „Schweizer Saal“ genannt wird. Eine Gemeinde der Evangelischen Kirche der Böhmischen Brüder (EKBB) wurde am 1. August 1920 gegründet. Nach den bescheidenen Anfängen wuchs die Gemeinde schließlich so stark, dass sie geteilt werden musste. So entstanden die Gemeinde Žižkov II und später die Gemeinden in Strašnice und Jarov.
In den dreißiger Jahren des 20. Jahrhunderts wurde der vordere Trakt umgebaut. In den sechziger Jahren, als ein großer Teil Žižkovs völlig sinnlos abgerissen wurde, drohte dasselbe Schicksal auch den Gebäuden der Gemeinde Žižkov I. Zum Glück kam es nicht so weit und so konnte man die Renovierung des Kirchenraums in Angriff nehmen, durch die der kubistische Charakter voll zum Tragen kam.