Der Name der Opatovická-Straße, die sich in der Nähe der Straße Národní třída in Prag befindet, erinnert an den mittelalterlichen Ort Opatovice, der 1115 gegründet wurde. Aus dieser Zeit stammt auch die romanische Pfarrkirche St. Michaelis, die 1348 im frühgotischen Stil umgebaut wurde.
In späterer Zeit wurde an das Gebäude ein Chorraum mit einem bemerkenswerten Gewölbe angebaut. Außerdem wurde das ursprünglich einschiffige Gotteshaus in eine dreischiffige Kirche umwandelt. In der Barockzeit erhielt die Kirche 1717 einen Turm und eine Barockkapelle.
Unter Joseph II. wurde die Kirche 1787 entweiht und diente als Lagerraum. Aber bereits 1791 erwarb die deutsche evangelisch-lutherische Gemeinde das Gebäude. Per Sonderdekret wurde ihr der Abriss des Turms erlassen (Toleranzkirchen durften eigentlich keine Türme haben). In späterer Zeit wurden weitere Veränderungen vorgenommen. So erwarb man beispielsweise 1912 eine neue Orgel.
Bis 1945 wurde die St. Michaeliskirche von den deutschen Lutheranern genutzt. Danach erhielt die Evangelische Kirche der Böhmischen Brüder (EKBB) das Gotteshaus und die gegenüberliegende kirchliche Schule, unter der Bedingung, dass die Kirche der slowakischen evangelisch-lutherischen Gemeinde Prag zur Nutzung überlassen wird. Daran hat sich bis heute nichts geändert und die St. Michaeliskirche ist die einzige lutherische Kirche Prags. Sie wird nicht nur von der slowakischen, sondern auch von der tschechischen und englischsprachigen Gemeinde der Evangelischen Kirche A. B. in der Tschechischen Republik genutzt. In der Kirche ist eine Dauerausstellung über die Bibel zu sehen.