Horní Dubenky (600 m ü. NN, rund 600 Einwohner) liegt im Norden des Teltscher Berglandes mit der höchsten Erhebung der Böhmisch-Mährischen Höhe, dem Berg Javořice (836 m). In diesem abgeschiedenen und relativ hoch gelegenen Gebiet, in dem der Fluss Jihlava entspringt, entstanden im 13. Jahrhundert, im Zuge der sogenannten großen Besiedlungswelle, mehrere Dörfer, darunter auch Horní Dubenky. Das Zentrum des Gebietes war die Burg Janštejn, die ab 1383 Heinrich von Neuhaus gehörte. Die Burg wurde wahrscheinlich in der Zeit der hussitischen Kriege zerstört. Im Wald, in der Nähe von Horní Dubenky sind bis heute Reste der Burg zu finden. In späterer Zeit gehörte Horní Dubenky zur Herrschaft Telč. 1423 wurde hier eine von Jan Hvězda von Vícemilice angeführte hussitische Einheit von den Söldnern Meinhards von Neuhaus überfallen. Das spätere 15. Jahrhundert war eine relativ ruhige Phase, in der sich die Landwirtschaft und das Handwerk entwickelten, und in den Quellen aus dieser Zeit werden auch die Glashütten in der Umgebung von Janštejn erwähnt. Die Zeit nach der Schlacht am Weißen Berg gehörte dafür aber zu den schwersten Jahren, die der hiesige Landstrich durchlebte. Das kaiserliche Heer verwüstete die Dörfer und das Land, und es gab hier auch Kämpfe gegen die Schweden. Es folgte die Zeit der religiösen Unterdrückung. In diesem Gebiet, in dem die tschechische Reformation lange überdauert hatte, war die Rekatholisierung, an der auch die Jesuiten aus Telč und Jindřichův Hradec beteiligt waren, besonders radikal. An den Ufern der Teiche fanden Bücherverbrennungen statt. Die Kryptoprotestanten versammelten sich an der sogenannten Quelle des Herrn (Studánka Páně) am Berg Javořice. Aber auch dort waren sie nicht sicher und wurden überfallen. Sie trafen sich auch in Zahrádky bei Familie Brchaň oder in der Mühle in Doubrava.
Sobald die Kunde vom Erlass des Toleranzpatents nach Horní Dubenky gelangte, machten sich die Evangelischen auf den Weg nach Telč, um die Gründung einer Gemeinde zu beantragen. Der Antrag wurde aber abgelehnt, denn es war gerade eine lutherische Gemeinde im nahegelegenen Velká Lhota gegründet worden. Die Evangelischen aus Horní Dubenky gaben jedoch nicht auf. Sie wandten sich direkt an Kaiser Joseph II., und obwohl sie nach den Regeln des Toleranzpatents zu wenige waren, gestattete der Herrscher am 6. November 1783 kraft eines allerhöchsten Dekrets die Bildung einer eigenständigen lutherischen Gemeinde in Horní Dubenky.
Die Anfänge dieser armen Gemeinde waren schwierig. Die Grundstücke für das Pfarrhaus, den Friedhof und das Bethaus konnten nur angepachtet werden. Mit dem Bau des Bethauses begann man im April 1786 und bereits im Oktober desselben Jahres wurde dort der erste Gottesdienst gefeiert. Im Unterschied zu anderen Toleranzbethäusern auf der Böhmisch-Mährischen Höhe hat dieses anstelle einer Holzdecke ein Gewölbe. Die Kanzel, der Steinfußboden und die Empore mit der Orgel wurden erst später eingebaut. Auch der kleine Turm stammt erst von 1857. Anfang des 20. Jahrhunderts wurden ein neues Pfarrhaus und Wirtschaftsgebäude errichtet. Eine umfangreiche Renovierung fand in den fünfziger Jahren des 20. Jahrhunderts statt. An das Pfarrhaus wurde damals ein neuer Gemeindesaal angebaut, der nach dem langjährigen Pfarrer und bedeutenden Prediger Pavel F. Lanštják benannt wurde, dem auch eine Gedenktafel gewidmet ist. Der Friedhof, zu dem heute eine schöne Allee führt, wurde 1782 angelegt und es befinden sich dort auch die Gräber der ersten Prediger.
Das Jahr 1989 gab der Gemeinde in Horní Dubenky neue Anstöße für ihre Arbeit: Es finden offene Gottesdienste unter freiem Himmel statt, zum Gedenken an die Verfolgung der evangelischen Christen wird jeweils am vierten Sonntag im August an der „Quelle des Herrn“ ein Gottesdienst abgehalten und am Ufer des Teiches Bor, am Denkmal der hussitischen Schlacht, gibt es in jedem Jahr eine Gedenkfeier für Jan Hus. Auf dem Weg nach Janštejn erinnert übrigens auch der sogenannte Žižka-Stein an diese Schlacht.
In den Sommermonaten findet in Horní Dubenky ein Festival mit dem Titel „Parrhesia oder: Das Paradies des Herzens und das Labyrinth der Welt“ statt, dessen Ziel die Begegnung von Evangelium und Kultur ist.